Rozłamy w obozie kalwinów istniały od samego początku, pogłębiało je zaś bardzo zróżnicowane pochodzenie jego członków. Kolejne próby obmyślenia takiej formy religii, która odpowiadałaby wszystkim, kończyły się kolejnymi porażkami. Ogłoszona w 1555 roku deklaracja o wspólnocie z braćmi czeskimi znalazła tyluż zwolenników co przeciwników. W następnym roku w Pińczowie, zastępczy wniosek Łaskiego, aby wprowadzić odmianę wyznania augsburskiego` Melanchtona, miał wyraźnie na celu próbę pogodzenia ze sobą rzeczy nie do pogodzenia. W 1562 roku podczas drugiego połączonego synodu w Pińczowie, propozycje radykałów okazały się niemożliwe do przyjęcia dla większości zgromadzonych. Wówczas mniejszość wycofała się, aby utworzyć własne odrębne sekty. Zostali oficjalnie potępieni przez Genewę i nigdy już nie powrócili do owczarni. Solidarność wśród polskich kalwinów została zniszczona na zawsze.

W odróżnieniu od kalwinów, członkowie sekt polskich wywarli jedyny w swoim rodzaju wpływ na życie religijne nie dzięki swej liczebności, ale dzięki oryginalności podejmowanych eksperymentów społecznych i głoszonych doktryn teologicznych. Znani jako arianie, antytrynitarze, unitarianie, bracia polscy, rakowianie, pinczowianie, socynianie, farnowianie, sabelianie, budnianie, teiści, dyteiści, tryteiści, reprezentowali wielką różnorodność w dziedzinie religijnych dogmatów i powiązań, co wyjaśnia kłopotliwą różnorodność nadawanych im nazw. Łączyło ich jedynie odrzucenie dogmatu o Trójcy Świętej oraz żądanie bezwzględnego prawa wolności poglądów. Pewna liczba antytrynitarzy zebrała się w Krakowie około roku 1555 w ramach protestanckich grup dyskusyjnych, zorganizowanych przez korsykańskiego spowiednika królowej Bony, Francesca Lismanino. W ich skład wchodzili: Holender Adam Pastor, pochodzący z Piemontu lekarz królowej Jerzy Blandrata oraz Lelio Sozzini, uchodźca z Wenecji i Zurychu. Utrzymywali oni kontakt z grupą anabaptystów morawskich, którzy osiedli w rejonie Karpat, oraz z analogicznymi kongregacjami na terenie Siedmiogrodu. W latach pięćdziesiątych XVI wieku głoszone przez nich idee rozwijali w swych dziełach: Piotr z Goniądza (Gonesius, 1530-1572), którego dyteizm wyrażony w De Filio Dei (1556) odrzucał istnienie Ducha Świętego, Grzegorz Paweł z Brzezin (1525-1591), którego traktat O prawdziwej śmierci... (1564) poddawał w wątpliwość istnienie życia po śmierci, Szymon Budny (1530-1593), którego non-adorantyzm zawarty w dziele O przedniejszych chrystiańskiej wiary artykułach (1576) opisywano jako najbardziej radykalną tezę stulecia, Marcin Czechowicz (1532-1613) z Lublina, którego Rozmowy chrystiańskie (1573) głosiły zasadę równości społecznej i zła, jakie niesie ze sobą własność prywatna, przede wszystkim zaś Faust Sozzini (Socyn, 1539-1604), bratanek Lelia, którego traktat De Jesu Christo Servatore (1598) przyspieszył jego wygnanie z Krakowa. Okres decydujący nastąpił w latach 1569-1570, kiedy to - oderwawszy się od głównego prądu kalwinizmu - członkowie sekt odmówili udziału w zgodzie sandomierskiej` oraz włączenia się we wspólny front protestancki do obrony przed kontrreformacją rzymskokatolicką. Później część z nich nadal szła własnymi samotnymi ścieżkami, wielu jednak zebrało się w Rakowie w Małopolsce, gdzie - pod opieką Mikołaja Sienickiego (1521-1582) - bracia polscy zawiązali swoją słynną wspólnotę. Znosząc różnice między warstwami i stanami społecznymi, całkowicie wycofali się ze społeczeństwa, odmawiając wszelkiego posłuszeństwa wobec państwa i przestrzegając zasad fizycznej pracy, wspólnej własności, bezwzględnej równości i pacyfizmu. Rozgłos przyniosła im ich Akademia, która na początku XVII wieku mogła się poszczycić liczbą ponad tysiąca uczniów z kraju i z zagranicy, niezmordowane w swej działalności oficyny drukarskie, głównie zaś ich słynny katechizm, który osiągnął dziesiątki wydań i który został przełożony na niemal wszystkie języki europejskie. Współcześni historycy zwracają uwagę na braci polskich w kontekście swoich zainteresowań prehistorią komunizmu, ale zainteresowanie im współczesnych budziły przede wszystkim aspekty teologiczne. W oczach chrześcijańskiej Europy - katolickiej, prawosławnej czy też protestanckiej - katechizm rakowski miał wyraźny posmak bluźnierstwa.

Należy go uważać za tekst o ogromnym znaczeniu nie tylko dla unitarianizmu, ale dla rozwoju myśłi radykalnej w ogóle. W Anglii na przykład wczesne wydania łacińskie w tajemnicy krążyły wśród teologów (wydanie Moscoroviusa w r. 1609 zadedykowane było królowi Jakubowi I). Jednakże popularne wydanie z r. 1652, opublikowane w Amsterdamie, wzbudziło gniew nawet Parlamentu Kadłubowego Cromwella, który nakazał szeryfom Londynu i hrabstwa Middlesex przechwycić i spalić wszystkie egzemplarze. Osiem rozdziałów katechizmu opracowano w formie dialogów platońskich, a ustępy, które, jak się wydaje, wywołały największe oburzenie, dotyczyły boskiej natury Chrystusa:

W Polsce i na Litwie działalność braci polskich (arian) okazała się ciężką próbą dla Rzeczypospolitej, która chlubiła się swoją rolą przystani tolerancji. Było rzeczą naturalną, że jako jedyna sekta wyłączona ze zgody sandomierskiej arianie staną się bojownikami o wolność religijną. Nie było też sprawą przypadku, że najżarliwsza obrona zasad tolerancji - Vindiciae pro religionis libertate (1637) wyszła spod pióra Jana Crella (1590-1633), rektora Akademii Rakowskiej.

W 1582 roku do grupy antytrynitarzy, nazywanej złośliwie nieobrzezanymi Żydami (judaizanci) dołączył Szymon Budny, którego nazwano najwybitniejszym hebraistą XVI wieku, i którego greckie i hebrajskie komentarze do własnego przekładu Nowego Testamentu, opublikowanego w Nieświeżu w 1572 roku stały się prawdziwą sensacją dla uczonych zarówno chrześcijańskich, jak i żydowskich. W tym okresie Izaak ben Abraham śledził z żywym zawodowym zainteresowaniem dyskusję między arianami Budnym, a Czechowiczem na temat prawdziwości Pisma Świętego oraz dla swoich własnych celów starannie opracował kompilację wysuwanych przez nich argumentów. Podczas gdy antytrynitarze atakowali przyjęte przez chrześcijan poglądy w celu wykazania, że Jezus Chrystus był naturalnym spełnieniem proroctw Starego Testamentu (współczesna Jednota Braci Polskich nie uznaje katolickiego nazewnictwa i podziału Biblii na Stary i Nowy Testament, stojąc na stanowisku, że Jezus zginął między innymi po to, aby usunąć wszelkie bariery na drodze ludzi do B-ga, aby w Nim nie było już ani Żyda, ani Greka, a jedynie odnowione Przymierze wypisane w sercach ludzi - przyp. Redakcji strony), mędrzec karaimski zaczął teraz z tych samych argumentów wysnuwać wnioski natury przeciwnej, które miały ustrzec wspólnotę karaimską przed skażeniem doktrynalnym.